Действующий храм, памятник архитектуры середины XVIII в. История собора и его святынь неразрывно связана с историей и традициями Российского флота.
Строился по проекту архитектора Саввы Чевакинского в 1753 – 1760 гг. Образует единый архитектурный комплекс с отдельно стоящей колокольней. Собор двухэтажный: нижний
храм освящен в честь святителя Николая Чудотворца, покровителя моряков, верхний – в честь Богоявления Господня. Отличался богатым убранством.
Со времени Екатерины II в Никольском Морском соборе праздновались главные победы русского флота.
Собор никогда не закрывался. С 1941 по 1999 гг. был кафедральным собором Санкт-Петербургской епархии. В годы блокады Ленинграда в нем служил и проживал митрополит Алексий (Симанский). Он и еще 5 клириков Никольского собора были награждены медалями «За оборону Ленинграда». Исторический облик и интерьеры храма сохранились до наших дней. Настоятель – протоиерей Богдан Сойко.