Иоанновский монастырь построен в 1900 – 1902 гг. по проекту архитектора Николая Никонова. Его основание связано с именем святого праведного Иоанна Кронштадтского, который хотел устроить в столице подворье для организованного им Иоанно-Богословского женского монастыря в с. Сура (Архангельская обл.). В 1903 г. подворье стало самостоятельным монастырем и получило статус первоклассного.
Главный монастырский храм двухэтажный: верхний освящен в честь собора Двенадцати апостолов, нижний – в честь преподобного Иоанна Рыльского. В подвальном этаже находится усыпальница святого праведного Иоанна Кронштадтского, основателя монастыря, канонизированного в 1990 г.
Монастырь был закрыт в 1923 г., вход в усыпальницу Иоанна Кронштадтского замуровали. В разное время в зданиях обители находилось более двадцати различных организаций. Возрожден в 1989 г. как подворье Пюхтицкого монастыря, отреставрирован. С 1991 г. является ставропигиальным монастырем. Настоятельница – игумения Людмила (Волошина).